BioInformática

Fundamentos de Bioinformática

 
 

1º Ciclo

Biologia

Engª Biológica

Ciências Biomédicas

Biotecnologia

Bioquímica

2‘ciclo

Mestrado Integrado em Engenharia Biológica

Área Científica: Biologia

Créditos ECTS: 5

Horas de contacto: 50h (Teóricas, 15h; Teórico-práticas, 20h; Tutorial, 10h; Avaliação, 5h)

Horas de estudo independente: 90h

Docente bloco inferência filogenética: Rita Castilho (email: rcastil at ualg.pt)

Atendimento: os alunos deverão fazer marcação por email.

Aulas Teóricas

Aula Teórica 6 de Novembro    13:30-14:30h   

Para que serve a inferência filogenética? Apresentação de exemplos representativos da aplicação de inferência filogenética à biologia evolutiva e às ciências da vida.

Evolução molecular: mutações, o desvio entre diferenças observadas e esperadas entre sequências, modelos de evolução. Em que consiste a teoria do relógio molecular.


Aula Teórica 13 de Novembro    13:30-14:30h   

Introdução básica aos métodos de estimação filogenética: métodos de distâncias, vantagens e desvantagens: NJ e UPGMA; parsimonia (Maximum parsimony) e máxima verosimelhança (Maximum likelihood).

Leituras obrigatórias

  1. - Baldauf. Phylogeny for the faint of heart: a tutorial. Trends in Genetics (2003) vol. 19 (6) pp. 345-351. PDF

  2. - Horner and Pesole. Phylogenetic analyses: a brief introduction to methods and their application. Expert Rev. Mol. Diagn. (2004) vol. 4 (3) pp. 339-350. PDF


Leituras facultativas

- Oregon Public Broadcasting (2007) . Evolution and Phylogenetics. In: Rediscovering Biology, molecular to global perspectives, pp. 1-13. (webpage 07-02-2008). PDF

- Higgs P, Attwood T (2004) Introduction: The revolution in biological information. In: Bioinformatics and Molecular Evolution, pp. 1-11. Blackwell Publishing, London. PDF

- Claverie, J.-M., Notredame, C., (2007). Find out what bioinformatics can do for you. In: Bioinformatics for Dummies, pp. 9-28. John Wiley & Sons. Hoboken. PDF

Bibliografia